Javier Aguirre dejó una huella imborrable en el Atlético de Madrid tras asumir el cargo en 2006, luego de llevar al Osasuna a un histórico cuarto lugar en LaLiga, clasificar a la Champions League y disputar la final de la Copa del Rey. Su llegada al Vicente Calderón fue recordada como un momento clave, tras derrotar al Atlético en el centenario del club, lo que lo colocó en la mira de la directiva colchonera. Jesús María Pitarch, ex director deportivo del Atlético, recuerda a Aguirre como un entrenador astuto, valiente y excepcional, tanto en lo profesional como en lo personal.

Durante su etapa en Pamplona, Aguirre estabilizó al Osasuna y ganó reconocimiento en España, llegando incluso a ser considerado por el Barcelona para sustituir a Frank Rijkaard. En el Atlético, enfrentó las altas expectativas de un club con historia de exigencias y resultados inmediatos. Omar Arellano, quien acompañó al ‘Vasco’ como auxiliar, rememora que Aguirre sufría profundamente la presión de cumplir con los objetivos, pero siempre mantuvo su profesionalismo y entrega, apoyado por su familia y con la vista puesta en el éxito deportivo.

La salida de Javier Aguirre del Atlético ocurrió tras una derrota por 2-1 ante el Valladolid en febrero de 2009. Lejos de las posiciones europeas y tras un incidente en el que algunos aficionados insultaron a su familia, el técnico mexicano decidió renunciar. Jesús María Pitarch confirma que el club intentó convencerlo de permanecer, pero Aguirre eligió marcharse, dejando un legado de estabilidad, clasificación europea y respeto profesional que marcó su paso por los colchoneros.